Do sự phân hóa về địa lý đã khiến hệ ngôn ngữ của người Mĩ bản địa trở nên cực kì phức tạp với hơn 300 ngôn ngữ nói, trong đó hàng chục ngôn ngữ được xem là một hệ ngôn ngữ riêng không dính dáng với bất kì hệ ngôn ngữ nào khác.

Về chữ viết thì người Mĩ bản địa không có chữ viết, họ chỉ có các chữ cái tượng hình và mỗi chữ biểu thị cho một từ hoặc một ý.

Song phổ biến nhất là ngôn ngữ cử chỉ, khác với ngôn ngữ nói, người Mĩ bản địa gần như rất thống nhất với nhau về ngôn ngữ cử chỉ.